Obwohl der Verlag Johannes Heyn mit seinem Kärntner Programm fix in der Region verankert ist, liegt sein Ursprung doch im kühlen Norddeutschland – und seine Geschichte ist untrennbar mit der gleichnamigen Buchhandlung in der Klagenfurter Innenstadt verbunden.
1872 tritt der aus Bremen zugewanderte Johannes Heyn in die im März 1868 gegründete Buchhandlung von Rudolf Bertschinger in der Klagenfurter Kramergasse ein, die fortan zunächst „Bertschinger und Heyn“ heißt. Neun Jahre später wird Johannes Heyn zum Alleininhaber.
Schon damals betätigt sich der Buchhändler auch als Verleger. Das erste von Heyn publizierte Buch ist der Kärntner Volkskalender für 1873. Eine Reihe von Berg- und Wanderführern und die Kurzeitung vom Wörthersee, die bis zum Ende des Ersten Weltkriegs im Verlag erscheint, folgen. Neben Büchern pflegt der Verlagsgründer noch eine weitere Leidenschaft, die Musik. Er gründet 1885 die Erste Kärntner Konzertdirektion. Die musikalische Neigung der Familie lebt in mehr als zweihundert Liedersammlungen fort, die bis heute im Verlag erschienen sind.
Ab 1911 leitet Johannes Heyns Sohn Hans die Buchhandlung, er stirbt jedoch sechs Jahre später an der italienischen Front. Daher übernimmt seine Schwester Helene Zechner, geborene Heyn, den Betrieb. Sie führt die Buchhandlung durch die schwierigen wirtschaftlichen und politischen Verhältnisse der Zwischenkriegszeit und des Zweiten Weltkriegs.
1952 gibt Helene Zechner die Leitung des Betriebes an ihren Sohn Kurt ab. Er lässt die Konzertdirektion und den Verlag wieder aufleben. Das erste unter seiner Leitung erschienene Buch ist die Neuauflage von Franz Pehrs kleinem Kärntner Sagenbuch, das heute noch erhältlich ist.
1962 findet unter der Leitung von Kurt Zechner der erste große Umbau der Buchhandlung statt, mit dem Heyn zur modernsten Buchhandlung Österreichs wird. Der diplomierte Maschinenbauer Kurt Zechner interessiert sich besonders für Wissenschaft und Technik. Fortan publiziert der Verlag Johannes Heyn auch Bücher über Mathematik und Ingenieurswesen. Nach dem Tod Kurt Zechners übernehmen 1977 seine Söhne Gert und Volkmar den Betrieb und teilen sich die Leitung in Buchhandlung und Verlag.
Gert und seine Frau Therese Zechner bauen den Verlag weiter aus. Sie fügen dem traditionellen Verlagsprogramm, bestehend aus Kärntner Volkskultur, Musik, Technik und Wissenschaft, noch die zeitgenössische Kunst und die Kärntner Geschichte hinzu. So arbeitet die Historikerin Claudia Fräss-Ehrfeld an einer als fünfteilige Reihe geplanten Geschichte Kärntens: Die Bände Mittelalter, Die ständische Epoche und Abwehrkampf, Volksabstimmung, Identitätssuche wurden bereits veröffentlicht.
In dieser Zeit entstehen auch aufwendige Reprints historischer Druckwerke, wie die Annales Carinthiae oder Valvasors Topographia Archiducatus Carinthiae antiquae & modernae completa, und opulente Kunstmonografien bedeutender Kärntner Künstler wie Switbert Lobisser, Joseph Wagner oder Markus Pernhardt. Besonders erwähnenswert ist die Monografie zum Gesamtwerk des Malers und Holzschneiders Werner Berg in drei aufwendig gestalteten Bänden.
1994 zieht der Verlag vom bisherigen Standort Krassnigstrasse 42 in das neu gebaute Verlagsgebäude in der Klagenfurter Friedensgasse 23 um. Diese Räumlichkeiten gestatten es Gert Zechner, auch seine Liebe für alte Bücher zu pflegen: Nach und nach baut er hier das „Antiquariat im Keller“ auf.
1999 erhält Therese Zechner für ihre Verdienste um die Kärntner Buchkultur das Ehrenzeichen des Landes Kärnten.
Trotz ihrer schweren Erkrankung setzt sich Therese Zechner weiter für den Ausbau aller Programmschwerpunkte ein und stellt einige Weichen auf „Öffnung“ und neue Formen der Zusammenarbeit. So publiziert etwa die 5-bändige Ausgabe Kärnten und die nationale Frage, zusammen mit dem Hermagoras-Verlag, Ergebnisse eines Forschungsprojekts am Ludwig-Boltzmann-Institut für Kriegsfolgenforschung. Daneben erscheint mit Wie weit ist Kärnten/Koroška? eine ganz andere, eher persönliche Form der historischen Auseinandersetzung: Der Club Carinthia in Wien hatte prominente „Exilkärntner“ eingeladen, ihre Sicht auf die Entwicklung des Landes darzulegen. Im Programmschwerpunkt Kunst entstehen Ausstellungskataloge für die Österreichische Galerie Belvedere (Werner Berg) und für das Museum Moderner Kunst Kärnten (Giselbert Hoke). Andere Künstlermonografien sind nun seltener als Prachtausgabe gestaltet, genau deshalb aber auch für breitere Interessentenkreise erschwinglich. Darüber hinaus erhält der Verlag in dieser Zeit seine erste Website, die Liederdatenbank geht online.
Therese Zechner stirbt im November 2006.
Nach einer Übergangs- und Bedenkzeit kehrt der Sohn von Therese und Gert Zechner, Achim Zechner, nach rund zwanzig Jahren in Graz, Wien, Tunesien und Berlin nach Klagenfurt zurück und übernimmt im Frühjahr 2008 in mittlerweile fünfter Generation die Leitung des Verlages. Stellvertretend für alle Verleger vor ihm nimmt er zum 140-jährigen Firmenjubiläum die Auszeichnung des Kärntner Landeswappens entgegen.